Membahas perubahan-perubahan fisiologi dan struktur tumbuhan yang terjadi selama patogenesis, mencakup fase awal patogenesis, mekanisme serangan patogen, respon inang terhadap patogen, genetika molekuler dalam patogenesis tumbuhan, dan mekanisme resistensi inang terhadap patogen.  Mata kuliah ini juga membahas proses-proses yang terjadi selama patogenesis tumbuhan mencakup proses pra-penetrasi sebagai fase awal patogenesis, mekanisme serangan patogen melalui enzim, toksin dan zat pengatur tumbuh, sistem penghantar signal dalam interaksi inang parasit, perubahan struktur dan fungsi sel tanaman dalam interaksi inang parasit. Perubahan bioenergi: proses penangkapan dan penggunaan energi oleh tanaman, perubahan proses fisiologis (fotosintesis, respirasi) yang terjadi pada kondisi patologis.

Mata kuliah ini membahas tentang sistem dan pola pengembangan lahan rawa termasuk berbagai tipe lahan rawa lebak dan rawa pasang surut serta termasuk rawa bergambut untuk menghasilkan produksi tanaman secara ekonomis dan berkelanjutan.  Selanjutnya juga dibahas tentang faktor penghambat pertumbuhan dan hasil berbagai komoditi pertanian penting di lahan rawa dan teknik-teknik budidaya tanaman di lahan rawa. Kajian juga mencakup strategi dan metode peningkatan produksi tanaman di lahan rawa.

Membahas secara mendalam proses-proses iklim dan cuaca yang mempengaruhi sistem dan pola tanam untuk berbagai komoditi tanaman penting, hubungan faktor-faktor lingkungan yang menjadi pembatas pertumbuhan dan hasil tanaman dan upaya pengaturan iklim mikro untuk mencapai produksi optimal tanaman. Bahasan mencakup klasifikasi iklim di dunia dan Indonesia, interaksi iklim dan pertanian, pengaruh cura hujan, suhu dan peningkatan level CO2 atmosfer dengan produksi tanaman, pengaruh perubahan iklim, pemanfaatan informasi iklim untuk budidaya tanaman, serta perspestif dan peranan prakiraan iklim.